14 años atrás, una lluvia de meteoritos que vino desde los cielos, lloviendo sufrimiento hacia los desprevenidos ciudadanos de Smallville, Kansas. Los años subsecuentes dejaron el pueblo sin habitantes y con cicatrices y secretos. Desde las cenizas de la tragedia, Clark Kent se ha convertido en un adolescente tímido. Mientras que la adolescencia trae sus retos, la transición de Clark de niño a hombre ha sido particularmente difícil. El ha luchado para controlar sus emergentes superpoderes y los efectos de varios tipos de Kryptonita mientras lucha contra las extrañas cosas que han acosado esta utópica aldea de la llanura central desde la lluvia de meteoritos.

 

En el final de la cuarta temporada, Clark, Lana (Kristin Kreuk) y Chloe (Allison Mack) se graduaron de la preparatoria pero el día fue menos que de alegría después que el ejercito anuncio una evacuación forzosa del pueblo debido a una inminente lluvia de meteoritos. Buscando respuestas, Clark una vez mas acude a Jor-El y le dice que la única manera de detener el inminente desastre era unir los tres cristales sagrados.

 

Después de robarle el ultimo cristal a Lex (Michael Rosenbaum), Clark junta los tres en la cueva e inmediatamente desaparece hacia un vértice que lo llevo a la tundra ártica. Al empezar la 5ta temporada Clark abre la fortaleza de la soledad y Jor-El le da un nuevo reto. Desesperado por volver a Smallville, Clark hace una promesa a su padre biológico que pronto regresara para complacerlo.

 

Los guardianes del secreto de Clark siempre han sido sus padres Jonathan (John Schneider y Martha Kent (Annette O'Toole). Sin embargo, este año, Clark se entera que Chloe también sabe su secreto. Después de encontrarlo en la fortaleza de la soledad, Chloe admite saber acerca de sus secretos y los dos se unen para luchar contra al injusticia. Mientras una parte de Clark esta emocionado de tener a alguien con quien hablar de sus poderes, la otra le recuerda que paso con Pete y teme el mismo destino para Chloe, mientras tanto Chloe entra al DIARIO EL PLANETA como interno, lo cual le da nuevas fuentes para ayudar a Clark.

 

Con Clark en la universidad, Jonathan y Martha pueden por fin dedicarse a sus propias vidas. Mientras Martha continua atendiendo EL TALON, Jonathan es visitado por su viejo amigo (Tom Wopat, The Dukes of Hazzard) quien lo convence de competir para ser senador contra Lex. Una entusiasta Lois Lane (Erica Durance) sale al abordaje y toma control como jefa de campaña de Jonathan. A bordo para salvar a su pueblo de los Luthors, Jonathan sabe que su repentino proyecto puede ser peligroso para Clark, ya que su pasado se hará de dominio publico.

 

Clark y Lana finalmente caen en su irrenunciable amor  y consuman su relación después de declararse su amor uno al otro. Felizmente enamorados, pero con la necesidad de algo mas, Lana comienza a explorar sus opciones afuera de Smallville. Originalmente darse un año sabático de la universidad, Lana analiza su decisión una vez que ve a Chloe y Clark irse ala universidad. Después de prometer que las cosas no cambiarían entre ellos, Lana deja a Clark atrás y se enfila hacia Metropolis con Chloe, haciendo una lucha para vencer las probabilidades y seguir juntos.

 

Al pasar los años, Clark a forjado una relación memorable con Lex Luthor aunque ninguno tiene idea de cómo sus destinos cambiaran. Lex ha peleado constantemente con su destino y se ha cambiado al lado oscuro. Este año perdió esa batalla. El Lex Luthor de los comics a llegado y esta temporada Clark y Lex se convierten en enemigos mortales.

 

La llegada del villano de DC Comics (Milton Fine) También conocido como Brainiac (James Marsters, Angel), exacerba la situación entre Clark y Lex. Fine recluta a Clark

Para ser su ayudante de investigación y proveerle de información super-secreta acerca de los experimentos inmorales de Luthorcorp. Su llegada ala tierra no fue ningún accidente. Fine salio de la nave espacial que aterrizo después de la lluvia de meteoritos. Quien lo trajo y porque probo ser una revelación para Clark quien finalmente entiende por que fue enviado a la tierra y que paso con sus padres biológicos y su planeta natal.

 

Clark se enfrenta cara a cara a otro héroe de DC COMICS en esta temporada. Aquaman nada hacia Smallville, y hacia el corazón de Lois, después de salvarla de ahogarse. Y después de atestiguar que uno de los experimentos de Lex causa daños irreparables ala vida marina, AC, un joven con poderes especiales, usa las “palancas” militares de Lois para salvar el océano y a todos sus habitantes para destruir el laboratorio secreto de lex bajo el mar. Pidiéndole a Clark que lo ayude a detener Luthorcop, AC le da una muestra de las fechorías de Lex, que hacen que hacen quedarse atónito a Clark.

 

Durante esta sexta temporada Brainiac esta dispuesto a liberar al General Zod de la zona Fantasma, quien puede hacer que todo en el planeta cambie, sin embargo, Clark no logra evitar esto y Lex es usado como vaso para que sea poseído por el fantasma de Zod, al ser liberado él (Zod) envía a la zona fantasma a Clark para que evite lo que tiene planeado.

 

Clark logra salir de la zona, con ayuda de Raya una amiga de Jor-El en Krypton, pero al momento de salir es liberado con el 6 fantasmas mas, que durante esta temporada querrán destruir a Clark. La llegada de Jimmy Olsen a la serie hace que exista un romance entre el y Chloe, pero no es el Jimmy que conocemos ya que aun no llega al punto de interactuar como lo conocemos con Clark y Lois.

 

Al final de la temporada Clark se enfrenta a su fantasma Bizarro quien pretende matar a Clark para poder realizar de las suyas en la tierra. Pero es derrotado finalmente por Clark al darse cuenta que el sol no le ayuda al Bizarro.

 

Mientras tanto con la lucha entre Clark y Bizarro es destruida una presa de la cual sale una chica con poderes similares a los de Clark, con la que finalmente Clark logra tener contacto y se entera que es su prima Kara-El de Krypton, quien llego desde la llegada de Clark a la tierra pero ella quedo atrapada en esa presa durante 16 años.

 

Ahora ella tendrá que adaptarse a lo que es su vida en Smallville, porque no ha manera de regresar a su planeta. Y durante esta temporada Clark y Kara formaran un equipo contra el regreso de Brainiac y los planes malévolos de Lex por descubrir su secreto y así evitar que también termine con ellos.

 

Al final de esta temporada Lex descubre el secreto de Clark y viaja a la fortaleza de la soledad a ver que es lo que tanto escondía Clark, es ahí donde Lex termina destruyendo la fortaleza, sin saber que ha pasado con él y Clark.